开创计算技术先河
1956年6月，我国完成了“十二年科学技术发展远景规划”的制定。规划中将计算技术、半导体、电子学和自动化列为紧急措施，并提出立即筹建研究机构。中国科学院立刻贯彻落实，抓紧筹建研究所。从6月上旬开始抽调专职人员，从事计算所的筹备工作并组建筹备委员会。6月19日，华罗庚主持召开了第一次筹备委员会会议。1956年8月25日国务院正式批准成立中国科学院计算技术研究所筹备委员会，主任委员华罗庚（兼），副主任委员何津（兼）、王正（兼）、阎沛霖，委员赵访熊（兼）、闵乃大、蒋士飞（兼）、吴几康、周寿宪（兼）、范新弼、徐献瑜（兼）、夏培肃、张效祥（兼）、张克明。从此，诞生了我国第一个计算机科学技术研究所，她肩负着开创我国计算机事业的重要使命。
当时，国内懂计算机的专业人员很少。筹备委员会按照规划中提出的“先集中，后分散”的组建原则，以中国科学院为主，集中了当时第二机械工业部十局（后来的四机部）、军委总参三部、国防五院（后来的七机部）和高等院校几个方面干练的科技力量，全国大协作，共同开拓我国计算技术事业。起步时，租用西苑大旅社（西苑饭店前身）三号楼作为办公和实验室的临时地点。到1956年底计算所筹备委员会集中了314人，组建了计算机整机、元件电路、计算数学三个研究室。1958年2月，计算所迁到了中关村新落成的科研楼。
创业阶段的急迫任务是培养我国第一批计算技术专业人才。当时采取了两方面的措施。一方面派遣科技人员到苏联考察计算机、进修和读研究生，派遣高中毕业生去苏联学习计算机知识和技术；另一方面，面向全国抽调高等学校在学的三、四年级学生来北京，开办为期一年到两年的计算机训练班和计算数学训练班。从1956年到1962年举办了四届，共培养出具有大学本科毕业水平的计算技术专业人员七百多人。通过国内外途径培养的这批技术人才，就是我国计算机事业初创时期的基本技术队伍。他们不怕困难，虚心刻苦学习，掌握计算机知识和技术，成为发展我国计算机事业的极其重要的力量。
筹备委员会在计算机研究方面，确定了先仿制，后自行设计的原则。决定引进苏联的M-3和БЭСМ-Ⅱ两台计算机图纸资料，邀请苏联专家来华指导和帮助，组织国内自己的力量进行生产和调试。结果在短短的两年间便仿制出了我国第一台小型电子管数字计算机和第一台大型通用电子管数字计算机。通过仿制工作的实践，培植和建立了我国自己的计算机科研队伍、工业生产队伍、应用队伍和管理队伍。
1958年8月1日，103计算机可以运行短程序，标志着我国第一台通用数字电子计算机已经诞生，计算技术在我国不再是空白学科。为了纪念这个日子，计算所也把这台机器称为八一型计算机。8月3日，人民日报就此事发表了消息。103机是按照苏联M-3小型数字电子计算机图纸资料仿制成功的。它由北京有线电厂（738厂）试制生产，计算所负责调试。1959年，这台机器经过整顿和改进后，运算速度提高到每秒1800次，在这台机器上解算了许多科学研究和工程设计中的计算问题，北京人民大会堂主席台力学结构计算就是在103机上进行的。北京有线电厂将机器定名为DJS-1型计算机并生产了36台。
104大型数字电子计算机于1959年4月开始试算，人民日报在9月15日进行了报道，国庆节时宣布研制工作完成。平均运算速度为每秒10000次。它是按照苏联БЭСМ-Ⅱ大型机仿制成功的。从1957年9月开始，苏联科学院派来一组专家，以轮换方式来所帮助调试工作，每期三个月到半年。该机由北京有线电厂和计算所工厂进行生产加工，由计算所进行调试。在这台计算机上演算过许多重大科学课题，我国第一颗原子弹研制当中的计算任务，军委测绘总局的大地测量计算任务，铁路车站最优分布计算，以及5个大型水坝应力计算任务都是在这台计算机上实现的。北京有线电厂将机器定名为DJS-2型计算机并生产了7台。
创业期间我所还研制出了我国第一台自行设计的107通用数字电子计算机，1960年提供给中国科学技术大学使用。
计算所筹备委员会于1959年下半年圆满完成了科技规划中提出的各项任务：为全国培养了七百多名急需的计算技术人才；研制成功我国第一台小型和第一台大型通用电子数字计算机；率先开始了计算数学和程序设计的研究，并用其成果在电子计算机上完成了国家许多重大工程科学计算任务。所有这些开创性的和里程碑性的成果是全国大协作的结果。这些都是集体智慧的结晶，1959年下半年参加协作的各单位人员相继返回原单位，开展各自的计算技术研究工作。
经过创业奋斗，计算所自身的科技力量有了很大发展。1959年5月17日，中国科学院第七次院务常务会议通过，正式成立中国科学院计算技术研究所，首任所长阎沛霖。当年底，全所人员达到983人。
服务国防建设事业
计算所在前二十多年里，发展方向和任务十分明确：发展计算机科学技术，研制计算机系统，为发展国防尖端技术服务。在这个发展阶段，研制了几十台计算机，包括高性能通用计算机、各种专用计算机以及各种配套设备，提供给国防部门在研制两弹一星工作当中使用。
在104机仿制工作后期，于1959年夏，开始了119型通用计算机的自行设计和研制工作。这台机器立足于当时国内的技术条件，用电子管和晶体二极管构成逻辑元件，吸收国外新型计算机设计上的长处，改进了104机编程和使用上的不便之处，着眼于提高机器的实际解题效率。119机在1964年4月研制成功，经国家科委组织鉴定后交付使用。119机是我国第一台自行设计和研制的大型通用电子数字计算机，是我国计算机领域里的一项重大创造，它标志着我国自主发展计算机进入了一个新阶段，对发展我国计算机事业有着重大的促进作用，获得过1964年全国工业新产品展览一等奖。在119计算机上完成过我国第一颗氢弹研制的计算任务、全国首次大油田实际资料动态预报的计算任务等。
109丙机是我国自行研制的一台通用大型晶体管数字计算机，其技术指标和主要设备都具有当时国内最先进的水平。1967年9月研制成功，经国防科委组织鉴定后，交付二机部九院使用。这台机器为九院工作了十五年，有效算题时间10万小时以上，它为我国第一代核武器的研制、定型和发展作出了重要贡献，被国防科委领导誉为功勋计算机。按照国防科委要求，1968年又复制成功一台109丙机，交付七机部使用，机器代号为015机。这台机器在704所运行十六年，工作稳定，总共开机9万多小时，有效机时8万多小时，交机率历年平均90%。它为我国航天战略武器、运载火箭的多个型号从方案设计到定型生产多个阶段的理论计算，提供过大量重要数据和决策依据。015机为我国航天事业的发展在历史上发挥了重要作用。
计算所最早研制的专用计算机是18010车载数字计算机，用于遥测数据自动记录与处理。1964年研制成功，鉴定后交付七机部一院使用，曾获中国科学院优秀奖。
1966年，研制出了156组件计算机，它是我国第一台自行设计的用于控制导弹弹体的专用机，提供国防部五院（后改为七机部）使用。为了这项任务，1962年在所内成立了专用机和固体电路两个研究室。1965年，中国科学院将这两个研究室由计算所分立出来，与物理所、电子所、应化所、西北计算所、东北物理所等单位的有关研究室合并组建了中国科学院微电子学研究所，代号156工程处（开始称计算所二部）。后来迁往陕西临潼，划归七机部，编为771所。
1967年到1975年，计算所划归国防科委第十研究院领导，代号为1013研究所，部队番号是京字116部队。这个时期主要是为国防任务研制配套使用的计算机。其中，为通信兵部研制的五台717型计算机装备了8367部队的地面测控站，在我国早期卫星发射、卫星回收任务中发挥了重要作用。为二机部提供的最后一台通用机是757大型向量计算机。这台机器在1983年通过了由国务院大规模集成电路和电子计算机领导小组组织的鉴定，1985年获得了国家科技进步一等奖。
计算所不仅为国防部门提供整机，还研究出了先进的数值计算方法，供国防任务使用。计算所的计算数学研究室有一支实力雄厚的流体力学计算队伍，承担着国防工程和尖端武器研制当中的重要计算任务，研究和应用领域包括：粘性与无粘性高速绕流、内外流场、爆炸波与低速流等。
他们的计算成果为增强国防力量做出了重要贡献，其中，“初边值问题差分方法和绕流计算”是一套有独创性的数值方法，在理论上深入研究了方法的数学基础，用此方法为导弹、卫星设计提供了大量的计算数据，这项成果获得全国科学大会重大成果奖。全国天文大地网整体平差计算方法的研究和首次平差计算任务的完成，对我国解放三十年来积累的大量天文、大地、重力等测量数据进行了综合处理和全面整理，为我国空间技术、国防和国民经济的发展奠定了一个坚实的测地基础，使我国在大规模天文大地网平差方面走在了世界前列。计算数学研究室（不含计算机辅助设计、辅助测试部分）在1978年由计算所分立出来，划入了中国科学院计算中心。
计算所为我国国防建设事业的发展做出了历史性的贡献，伴随着整机研制任务的完成，科研工作水平显著提高，在计算机体系结构、数值计算方法、硬件技术、软件技术、数字系统设计自动化、外围设备、计算机科学基础理论等学科领域方面都有了很大的发展，取得了多项重大科研成果。
1965年研制成功的我国第一台109乙大型通用晶体管计算机，标志着计算所整机研制技术已进入第二代；1971年研制成功的111型通用计算机是我国第一批集成电路计算机；1976年交付使用的013计算机综合体现了计算所在第三代计算机技术方面的科研成果与水平。该机为二机部九院服务了14年，稳定运行时间13万小时以上。1978年，计算所有14项科研成果获得全国科学大会重大成果奖。
在那段历史时期，为了满足大型高速计算机系统配套的需要，计算所还研制出多种型号的记忆磁心和磁心存储器、浮动磁头磁鼓、不同类型的磁盘机、宽带磁带机、宽行打印机、静电印刷机、控制台、显示器、符合国际标准的五、八单位通用的纸带光电输入机、多种类型的直流稳压电源、不同型号的宽带示波器和取样示波器、八层印制电路板以及高速电流开关电路等。它们在技术水平上均处于国内领先地位，其中许多设备和部件已由工业部门接产。进入70年代后，计算机辅助设计和辅助测试技术在整机研制过程中发挥了重要作用并取得明显效果。编译技术日趋成熟，算法语言被用户广泛使用；在软件技术、工具和开发环境方面取得许多开创性研究成果。在计算机科学基础理论，包括可计算性理论、自动机理论、计算复杂性理论、程序设计理论等方面，发表过一系列有创见性的论文和专著。特别应该提到的是，60年代前期，冯康领导的一个研究小组独立于西方创立了有限元方法，方法的创立和应用被公认是二十世纪计算数学、计算力学和工程计算领域的一项重大成就。这项成果获全国科学大会重大成果奖和国家自然科学二等奖。
1958年成立的计算所实验工厂为全所科研工作服务了三十多年，具有较高的计算机主机和外围设备的生产加工能力，人员编制最多时达500多人。计算所完成的计算机主机、外围设备以及实验设备研制任务和获得的科研成果当中，都包含着实验工厂的贡献。
从1960年到1966年，计算所在国内招收培养了24名研究生。文革时期招生工作被中断，直到1977年再次恢复。1978年，计算所择优录取了64名首批硕士生，其中41人在国内培养，23人分赴国外的大学和科研单位攻读学位。在国内取得学位的硕士中，约有半数人选择在计算所工作；在国外的留学人员，从1983年起，陆续有人学成回国。在六七十年代，计算所培养了一批高质量的研究生，他们当中的许多人已成为国内外知名的计算机科学家、学科带头人、知名的企业家，有些人还当选为我国的院士。
推动国民经济建设
二十世纪80年代，我国进入了改革开放的新时期，处在社会转型期的计算所面临着重大变革。
首先是研究所的科研方向由为国防建设服务转变为面向国民经济建设的主战场，面向市场，为促进我国传统产业改造，促进计算机推广应用做贡献。另一方面，由国家下达科研任务，国家拨款搞科研的时代已经过去。从80年代中期开始，中科院实行“一院两制”，对从事应用研究的所，要求80％的人员进入国民经济主战场，对其事业费的投入逐年减少20％。面对突来的新形势，计算所需要靠自己排除困难，谋生存，图发展，引导全所人员转变思想观念，调整科研体制。计算所除正在承担科研任务的科技人员外，鼓励其他科技人员组织起来走上社会，了解市场需求，发挥自身专长，参与竞争，面向为国民经济建设服务，去争取科研项目和科研经费。
在这个时期，计算所在科研工作上选择了两个新的突破口。一是计算所为了能保留其国家研究所地位，为探索计算机科学技术前沿课题继续作贡献。计算所争取到国家智能计算机研究开发中心的依托单位，以及成立了院级CAD开放实验室。为今天计算所的发展奠定了基础。二是争取面向国民经济建设的重大课题任务以及成立公司实现科技成果转化成产品、商品。
为了延续发挥计算所在计算机工程实施方面的传统优势，经过选择和努力争取，我国石油物探领域成了计算所新的服务方向。1981年研制成功150-AP高速数据处理机，交付给石油部物探局研究院使用，它明显地提高了150计算机做石油地震勘探资料处理的效率与精度。1991年，研制成功了用于石油地质勘探油田开发的KJ8920大型数据处理系统，并与石油部门合作，参与开发石油开采应用软件。它由通用硬件平台、标准化系统软件和石油应用软件三部分组成，是一个完整配套的石油应用系统。这项成果在国家科委主持下通过了鉴定，由中国天然气总公司主持，进行了验收并移交生产。这台机器获得1992年度中国科学院科技进步一等奖，1993年度国家科技进步一等奖。随后，又研制出了KJ8950大型数据处理系统。
80年代微型机已成为计算机市场上的主流产品。大力推动微机应用领域的科研开发工作，尽快取得优异成果并转化成先进的高科技产品推向市场，成了计算所科研工作的又一个突破口。计算所先后取得了GF20/11A汉字微计算机系统（获得中国科学院1983年度重大科技成果一等奖）、LX－80联想式汉字图形微型机系统、联想式汉字微型机LX－PC系统（获得1988年度国家科技进步一等奖）、CAS386微机工作站及微机系统（获1992年度国家科技进步二等奖）等一批优秀的科技成果，为我国微机产业化的起步做出了重要贡献。
80年代到90年代，计算所面向市场需求，开展了大量计算机网络工程和应用系统的开发工作，取得了包括中南海办公自动化系统、宁波市金融系统电子化一期工程、石化物资管理系统、电力调度系统等一大批实用性开发成果。
计算所也十分重视跟踪国际前沿领域，安排一部分科技人员及时开展基础性、前瞻性的研究工作。在CAD研究室多年研究成果的基础上，中国科学院于1987年批准成立了院级CAD开放研究实验室。在CAD、CAT、工程数据库与集成化技术、计算机图形学等方面取得了多项研究成果，培养出200多名研究生，发表了大量论文，创办了学术刊物《计算机辅助设计与图形学学报》。
计算所每年还承担20多项国家自然科学基金项目，例如在人工智能、计算机并行处理、汉字处理、容错技术、数字磁记录技术等方面也取得不少成果。
从80年代中期开始，计算所以独资或合资方式相继开办了近二十家科技企业，在微机、高性能计算机、软件和机器翻译等方面为促进我国相应产业的发展做出过较大贡献。中关村科技市场上曾有较高知名度的两通两海科技公司（四通、信通、科海、京海）也都有计算所的科技人员参与创建，其中信通、科海、京海三家公司是以计算所科研人员为主创建的。
在改革开放的大潮中，计算所成功地做成了两件具有长远影响的工作。
1984年，成立了计算所新技术发展公司，它是联想集团的前身。公司将联想式汉字微机系统科研成果转化成联想汉卡，作为创业阶段的主要产品推向市场，实行科研、开发、生产、销售一条龙的企业化管理体制。后来，公司更名为北京联想计算机集团公司。1991年，纳入中国科学院院管公司进行管理。经过公司领导和员工在市场上的努力拼搏，在院所两级的有力扶植下，如今已发展成为国内外驰名的龙头企业。联想集团的成功是中国科学院办企业的成功典范，是计算所对社会的重大贡献，亦是为贯彻执行“中共中央关于科技体制改革的决定”探索出一条成功之路。
1986年，国家启动863高科技计划给计算所的发展提供了新的机遇。基于计算所的科研实力和努力争取，当时的国家科委经过论证，选中了计算所作为“国家智能计算机研究开发中心”的依托单位。1990年3月智能中心成立。中心把符合国际技术主流和市场需求的高性能计算机及其应用系统作为主攻方向。
三年后，第一项成果曙光一号并行计算机开始走向市场。这是一台全对称共享存储多处理机，是国内首次采用商品化微处理机芯片和UNIX操作系统，走与国际接轨道路研制并行机的一次可喜的尝试，为我国在对外开放的形势下研制高性能计算机探索了一条新路，获得了1994年度中国科学院科技进步特等奖，1995年度国家科技进步二等奖。1995年，中心又推出曙光1000大规模并行计算机系统，它是我国自行研制成功的第一台实际运行速度超过每秒10亿次浮点运算的并行机，对推动我国并行计算应用发挥了重要作用，再次获得中国科学院科技进步特等奖，在1997年，获得国家科技进步一等奖。中心领导和成员怀着“老树发新芽，重铸辉煌”的决心，经过十多年的奋斗，研制出了多种系列的高性能计算机产品，使计算所几代科技人员为之奋斗的夙愿变成了现实。如今的计算所是我国高性能计算机研制的一支重要力量，并在产业化方面起着领头雁的作用。
计算所在自身的发展过程中，不断地派生出新的研究实体。继专用机、固体电路研究室和计算数学研究室分立出去以后，软件研究室（不含KJ8920计算机软件人员）和数理逻辑组在1985年也从计算所分立出去，成立中国科学院软件研究所。90年代，以计算所的计算机网络研究室为基础，又组建了中国科学院网络研究开发中心。
计算所一直是中国科学院改革试点单位，处在社会转型期的计算所始终在不断总结经验当中摸索前进。
1998年11月，根据中科院《关于计算所深化改革的决定》精神，组建了计算所二部。它的职责一是负责计算所离退休人员的管理和服务；二是负责对当时计算所所管公司进行管理。计算所二部虽然由联想控股公司代管，但二部与计算所仍然归属于国家同一个事业单位编制，是中科院计算所的组成部分。计算所二部领导班子和机构管理人员把管理好二部作为保证计算所深化改革成功的一个重要组成部分，其有效管理不仅有效地保证了改革的顺利实施和平稳过渡，而且为新计算所轻装上阵，集中精力开展知识创新工作创造了良好的条件和环境。
高举自主创新旗帜
1998年，中国科学院作为国家创新体系建设的试点，率先启动知识创新工程。计算所是首批进入的试点单位之一。
计算所在知识创新工程的战略方针指导下，以“基础性、战略性、前瞻性”的要求为准则，以“着眼国际前沿领域，关注国计民生，推动中国信息产业”为已任，率先在科学院内举行战略研讨，2002年计算所职工代表大会通过了《计算所发展战略》，确定了计算所以“成为计算机领域国家重大科技行动计划的龙头，成为我国信息行业共性关键技术的源头，成为国际上同行关注的国家研究所，在若干研究方向上起到领头雁的作用”为自己的历史使命。
与此同时，计算所通过凝炼科研目标，确定了“高”（高性能计算与网格计算）、“广”（网络与数字化技术（4C融合技术））、“深”（知识处理与智能化Internet软件）的研究方向。经过几年的努力，计算所逐步形成了一些符合“三性”要求的重要科研方向和新生长点，如高性能通用CPU及SoC、高端计算机、编译技术、网络存储、空间信息处理、下一代互联网和宽带移动网络、传感器网络、智能化人机交互、普适计算、网络信息安全、应用网格与知识网格、智能信息处理、生物信息学等。
计算所与曙光公司密切配合，先后于1998年底、2000年初和2001年初推出了曙光2000-I、曙光2000-II和曙光3000超级服务器，基本上做到每年推出一代高性能计算机新产品，计算速度从每秒200亿次到1100亿次再提高到每秒4000亿次浮点运算。曙光3000的计算能力比863计划预定目标高出40倍，超出当时国外对我国禁运的高端计算机一个数量级，对打破国外高技术封锁、提高我国综合国力做出了贡献。
CPU芯片是计算机的心脏、信息产业的支柱、知识经济的基石。计算所敏锐地看到研制通用高性能处理器是带动整个信息产业发展的重要突破口，2001年开始进行龙芯CPU芯片的研制。
2002年9月，在“迎十六大——计算所创新成就展”上，计算所发布了龙芯1号通用CPU芯片。龙芯1号CPU采用0.18微米CMOS工艺实现，定点字长32位，浮点字长64位，主频266MHz，实际运行功耗小于0.5瓦。龙芯1号流片成功，表明计算所已开始掌握CPU设计的核心技术，结束了中国人不能设计通用CPU芯片的历史。
在随后的三年里，在中国科学院知识创新工程二期和国家863计划的支持下，计算所开展了龙芯2号CPU芯片的研制。2006年初流片成功的龙芯2E采用四发射超标量超流水线结构，90纳米工艺实现，主频达到1GHz，实际性能已相当于中、低档的奔腾4，但功耗只有8瓦左右。龙芯CPU为提高我国信息产业的自主创新能力、改变我国信息领域核心技术受制于人的被动局面做出了杰出贡献。
2002年，以计算所的知识产权为基础，创建了北京神州龙芯集成电路设计有限公司，通过龙芯产业联盟共同进行龙芯的产业化工作。2006年，计算所与意法半导体公司签署了有关龙芯2E生产销售和升级开发的协议，开创了我国在集成电路领域向国外大公司实施技术许可的先河。计算所的CPU设计技术被国外大公司有偿使用，说明计算所已具备在核心技术上参与国际竞争的实力。
曙光系列超级服务器的研制在知识创新工程二期中也取得了累累硕果。2003年通过验收的曙光4000L是当时国内最大的百万亿字节（100TB）数据处理超级服务器，该款产品被专家们誉为超级服务器中的“航空母舰”，在支持数据密集应用的技术上实现了多项重大突破。2004年通过鉴定的曙光4000A实现了技术和应用的双跨越，成为国内计算能力最强的商品化超级计算机，作为中国国家网格最大的节点主机安装在上海超级计算中心。曙光4000A峰值速度达到每秒11.2万亿次，Linpack测试速度每秒8.06万亿次浮点运算，在2004年6月世界高性能计算机TOP500中位列第十，标志着我国成为继美国、日本之后第三个能够制造、应用10万亿次商品化高性能计算机的国家。以计算所的技术为支撑的曙光公司已成为我国服务器产业的骨干企业。
龙芯1号、曙光3000、曙光4000L、曙光4000A、龙芯2号连续五年相继被两院院士评为当年十大科技进展。科技日报庆祝建国55周年评选的“科技中国55项第一”中，计算所的科技成果占了三项（曙光1000、曙光4000A和龙芯1号）。“龙芯”与“曙光”的成就表明计算所既是国家重大科研计划实施的“龙头”，也是计算机产业的技术源头。
计算所的自主创新能力不仅体现在传统优势领域——计算机体系结构、高性能计算机等方面，在计算机网络、数字化技术、信息安全技术、网格技术等领域也有较大的进展。
计算所在下一代网络关键技术研究中突破了IPv6的若干关键技术并构建了国内第一个IPv6城域示范网——重庆网通IPv6城域示范网，随后开展了宽带无线移动通信的研究。计算所牵头组织制定的数字音视频编解码技术及标准（AVS）是数字音视频系统的基础标准，其《信息技术 先进音视频编码 第2部分：视频》已经于2006年3月1日起作为国家标准颁布实施。AVS产业联盟已成功地发展了包括国内外著名企业在内的130多家会员单位，将从根本上提高国内音视频相关企业的国际竞争力。基于多功能感知理论的中国手语识别与合成研究2002年荣获国家科技进步二等奖，计算所曾先后向全国1310所聋校赠送了价值共约一千多万元的中国手语合成系统软件，用于标准中国手语教学，使研究成果真正服务于社会。低成本易用的网络计算机终端是计算所知识创新二期的又一个成果，在云南等地教育系统中得到推广，此成果获得北京市2006年科学技术一等奖。计算所牵头构建的中文信息处理基础数据库和开放平台对提高我国中文（包括汉语语音）处理技术水平起到了重要作用，受到国内外同行认可。计算所以开放源码方式向社会公开了一部分成果，其中ORC编译器等已被许多国外著名大学和企业下载，ORC现已成为世界上最好的开放源码编译器。在网络信息安全领域攻克了与大规模网络安全管理和信息智能处理相关的关键技术。与其他单位合作研制完成的系统，先后获得国家科技进步一等奖和二等奖。在Web挖掘和大规模内容计算领域取得一系列显著成绩。其中自适应过滤算法在2002年国际TREC评测中获得第一；新信息检测在2004年国际TREC评测中获得第一；中文词法分析在2003年ACL组织的SIGHAN评测中获第一；TDT在2004年TREC评测中获第二。计算所三大科研品牌之一的“网格”包括计算网格、服务网格、知识网格，以计算所研制的操作系统网格（Vega Grid Operating System）为基础建立的中国国家网格门户系统已投入运行，计算所在发展网格技术方面已起到引领作用。根据市场潜在需求和学科发展趋势，计算所经过慎重选择后开辟了一些新的发展方向，如虚拟现实技术、生物信息学和传感器网络等，近年来取得了令人满意的进展。
创新能力根植于扎实的知识积累。进入知识创新工程以来，计算所逐步加强了基础研究，设立了计算所基础研究基金。目前，计算所牵头承担两项973重大基础研究项目和几十项自然科学基金项目；近五年来，计算所在SCI、EI、ISTP上发表的论文数在全国研究所中名列前茅；近年来被重要国际会议接收的文章明显增加。前瞻研究中心的成立将进一步加强计算所的基础研究。
近二十年来，计算所科研的重点是为国民经济提供核心技术，但仍然坚持为国防建设做贡献，近几年计算所承担的国防科研项目逐年增加，取得了出色的成果。
计算所在提高自身自主创新能力的同时，力争为产业提供共性关键技术，探索了一种开放办所的新模式。进入知识创新工程以来，计算所的产业化模式逐渐从自办企业为主转变为以技术转移与技术辐射为主，主要模式有企业孵化、技术成果交易、与地方共建计算所分部等，范围从中关村、北京，逐渐扩大到全国。现在，计算所已先后建立了苏州、上海、宁波、台州、东莞、肇庆六个分部。计算所分部共计吸引地方政府投资1.75亿元，成为技术转移和规模产业化的重要途径，促进了当地经济的发展，提高了地方企业的竞争力，并为地方培养了人才。迄今为止，胡锦涛主席、温家宝总理、吴仪副总理、路甬祥副委员长和陈至立国务委员先后视察计算所分部，地方政府和中科院各级领导也都对计算所分部模式给予高度评价。计算所通过分部的建立把产业化做到地方，把关键技术送到企业，正在探索一条技术转移、院地合作的创新模式。计算所成为我国信息行业若干共性关键技术的“源头”作用初步得到体现。
走出去，请进来，广泛的国际合作与交流将有助于计算所建设成为国际一流的科研学术机构。计算所已与世界许多国家的著名大学、科研机构及高技术公司建立了广泛的科技合作与交流关系。计算所每年出访100多人次，多次主办重要的国际会议。海外杰出学者团队在系统结构研究中发挥了重要作用，依托计算所的“龙星计划”（海外华人教授回国讲学）已产生较大影响。与AMD、ST等公司的密切合作加快了曙光、龙芯等课题的科研进度，提升了成果的水平。计算所的科研已逐步融入国际科研大环境，科研人员也开始进入本领域的国际平台。
一流的研究所需要一流的人才来建设，一流的研究所也必然培育一流的人才。李国杰院士、高文研究员被美国2005年IEEE Spectrum杂志评为中国科技十杰；孙凝晖研究员、胡伟武研究员入选为2004年度中国十大科技新闻人物；“龙芯”、“曙光”研究集体分别荣获首届和第二届中科院杰出成就奖。计算所宽松的工作氛围、良好的发展机遇，吸引了大批精英人才，数十名国内外知名学者相继应聘为我所的研究员和客座研究员。
1998至2005年底，计算所共向社会输送了毕业研究生580人，其中硕士288人，博士292人。他们分布在科研机构、高校、企事业单位和部队等单位的各个不同岗位。2006年，计算所在读研究生人数已达976人，其中博士生443人，是我国计算机学科在学博士最多的培养单位。五年来，计算所先后有3名研究生获得中科院院长特别奖，19人获得院长优秀奖，有3名导师先后获优秀导师奖。
计算所五十年的发展历程，逐渐孕育了“创新、求实、团结、高效”的文化理念。今天，计算所的创新文化具体表现在四个方面：热爱科学、乐在探索，鼓励创新、宽容失败；严谨务实、勇挑重任，拼搏进取、追求卓越；尊重人才、团结合作，统一意志、民主和谐；纪律严明、规范高效，公平竞争、优胜劣汰。它是一种集成、融合的文化：既有统一意志，又有个人心情舒畅；既强调团队拼搏精神，又鼓励个人钻研探索；既有优胜劣汰的竞争环境，又有宽松和谐的学术氛围。所党委高度重视创新文化建设，重点抓好机制、管理和文化等方面的工作。今天的计算所已经拥有一个团结战斗的领导班子、一支年轻有为的创新队伍、一支高效管理的职能部门、一个心情舒畅的科研环境、一套鼓励创新的规章制度和一种积极向上的文化氛围，并多次荣获中央国家机关和中科院授予的文明单位、先进基层党组织以及创新文化先进集体的殊荣。创新文化已经成为计算所事业发展的重要基石和宝贵财富。
经过中科院知识创新试点工程一期、二期的建设与发展，计算所以评估为优秀（A类）研究所的成绩顺利进入知识创新工程三期，并将目标锁定为：到2010年，计算所要成为具有世界影响的国家骨干研究所，成为以跨越创新、引领未来为目标的研究所，形成由一个本部核心和分布在全国的若干分部组成的具有中国特色的网络型研究所。为此，2005年计算所实行了机制体制的一次重大革新，将原有的七个研究室调整为三个研究部和一个前瞻研究中心，主要研究方向凝炼为计算机系统结构、网络与普适计算、智能软件，希望通过研究部的协调组织、优化资源配置，提高科研效率；同时营造令科研人员向往的科研环境与人文环境，创造出有利于做出三性研究的创新环境。
2006年6月，总面积3万平米的计算所新科研楼投入使用。工作区、图书馆、学术交流长廊、成果展示演示环境、生态仓，既整齐适用，又美观大方，进入宽敞的一楼大厅就有进入科学殿堂的感觉。新科研楼不仅是计算所员工与学生工作和成长的地方，也是计算所“创新、求实、团结、高效”文化的浓缩与写照。我们相信，有了五十年的文化积淀，计算所必将孕育出更多的人才与成果，为国家和社会做出更大的贡献。
五十载春秋岁月，五十年光辉历程，历史的车轮从1956驶入了2006。昨天，我们用智慧与汗水创造了计算技术科学的辉煌历史；今天，我们满怀激情实践着“自主创新、科技强国”的豪迈誓言；明天，我们充满信心勇攀科学高峰，谱写新世纪的华彩乐章。